So bên trong iPhone SE và 5S

Mặc dù có thiết kế tương tự nhau nhưng các bộ phận của iPhone 5S khó thay thế được cho iPhone SE.

iPhone SE và 5S có độ tương đồng khá cao, đều sử dụng màn hình độ phân giải 640 x 1.136 pixel, camera 1,2 MP. Thử nghiệm cho thấy, mặt trước của iPhone 5S khi được tháo và lắp sang SE màn hình, camera trước, loa trong vẫn hoạt động tốt. Nút Home vẫn sử dụng bình thường để thoát khỏi ứng dụng cũng như mở multitasking, tuy nhiên cảm biến Touch ID bị vô hiệu hóa.

iPhone SE và 5S có máy ảnh sau cùng kích cỡ. Tuy nhiên, các bảng mạch của chúng không giống nhau. Khi module ảnh của 5S sang SE, camera không hoạt động được.

Dung lượng pin của iPhone SE là 1.624 mAh cao hơn của 5S (1.560 mAh). Việc thay thế pin cho hai thiết bị là không thể do các vi mạch kết nối của chúng không giống nhau.

Các kết nối trên cổng sạc của iPhone SE cũng được làm khác so với 5S.

Loa ngoài của hai thiết bị có module tương tự nhau.

Bo mạch chủ của iPhone SE lớn hơn 5S, theo Etradesupply bo mạch chủ trên iPhone 5S có thể thay thế cho SE nhưng không thể thực hiện điều ngược lại. Tuy nhiên, họ không xác nhận nếu thay bo mạch chủ của 5S lên SE thì máy có hoạt động được hay không.